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Datenbanken
  Oracle® Oracle® ist das im Moment wohl am weitesten verbreitete Datenbanksystem in der chemischen Industrie.
  Microsoft SQL Server™ Der Microsoft SQL Server™ ist zwar noch nicht so weit verbreitet wie das Konkurrenzsystem Oracle®. Es ist jedoch stark im Kommen.
  Microsoft Access® Microsoft Access® ist die Einzelbenutzer Datenbank der Microsoft Office Familie.
  MySQL MySQL ist eine sehr leistungfähige Open-Source-Datenbank, die jedoch noch wenig in in Unternehmen eingesetzt wird. An Universitäten ist sie dagegen sehr verbrietet.
Struktursuche
  Chemische Suchmaschine Die Suchmaschine der Firma enso Software wird für verschiedene Datenbanksysteme einschließlich Desktop-Datenbanken wie Microsoft Access® angeboten.
  InfoChem Cartridge Die Struktursuche der Firma InfoChem basiert auf einer Oracle® Cartridge und ist auf Windows und Linux lauffähig. Zum Betrieb ist zwingend ein Oracle®-Server erforderlich.
  Accord Chemistry Cartridge Ähnliches gilt auch für die Accord Chemistry Cartridge von Accelrys. Laut Accelrys gibt es die Cartridge für Solaris, Linux und Windows. Die unterstützten Oracle® Versionen sind 9i und 10g (einschließlich der 10g Express Edition).
  MDL® ISIS/Host MDL® ISIS/Host war jahrelang die führende Strukturdatenbank. Sie wurde inzwischen von MDL® Direct abgelöst.
  MDL® Direct MDL® Direct ist ebenfalls eine Oracle®-Cartridge und löst MDL® ISIS/Host als Strukturdatenbank ab.
SD-Files
  Asinex Download Zone Die russische Firma Asinex stellt auf ihrer Homepage über 200 000 Strukturen als SD-Files und als ISIS/Base-Files zum Download zur Verfügung.
  Small-Molecule Meta-Database Auf Ligand.Info sind verschiedene öffentliche SD-Files, wie z.B. ChemBank, ChemPDB, KEGG, NCI, oder AKos GmbH, zusammengefaßt.
  Databases Made Publicly Available CACTUS (Computer-Aided Drug Design Group's Chemoinformatics Tools and User Services) bietet z.B. U.S. Government Chemical Databases zum Download an.
Online-Datenbanken
  NIST Scientific and Technical Databases Zahlreiche Datenbanken des National Institute of Standards and Technology zu verschiedenen Fragestellungen: analytische Chemie, Datenblätter für chemische Verbindungen, Kinetik, Biotechnologie, usw.
  Organic Syntheses Website In der Online-Version von Organic Synthesis finden sich Informationen zur Synthese einer Vielzahl von Verbindungen. Zur Struktursuche ist das ChemDraw Plugin notwendig. Es ist jedoch genauso gut möglich, ohne das Plugin nach alphanumerischen Daten zu suchen.
  ChemFinder.Com Einfache Suche nach chemischen Verbindungen